Puerto Morelos est situé au niveau de la deuxième plus grande barrière de corail de l'hémisphère occidental, une formation calcaire qui s'étend sur 1 000 kilomètres depuis la pointe nord du Yucatán jusqu'au golfe du Honduras. Le récif se trouve ici exceptionnellement près du rivage — certaines sections commencent à seulement 20 mètres de la plage —, ce qui en fait l'un des systèmes coralliens les plus accessibles des Caraïbes. En 1998, le gouvernement mexicain a déclaré 9 066 hectares d'océan et de littoral parc marin national, interdisant le mouillage des bateaux et installant des bouées d'amarrage permanentes pour protéger le corail. La lagune peu profonde du parc, dont la profondeur dépasse rarement neuf mètres, abrite 36 espèces de coraux durs et plus de 250 espèces de poissons. Une excursion de snorkeling à Puerto Morelos depuis Playa del Carmen couvre généralement 35 kilomètres vers le sud le long de l'autoroute 307, soit environ 40 minutes de route à travers la végétation côtière et des villages de pêcheurs disséminés. La plupart des opérateurs partent du quai de pêche de la ville, une jetée en béton reconstruite après l'ouragan Wilma en 2005. La structure du récif diffère ici des parois abruptes de Cozumel : au lieu de tombants, on trouve des récifs en patchs séparés par des canaux de sable, avec des coraux cornes d'élan et des coraux-cerveaux formant de basses crêtes parallèles au rivage. Les tortues vertes paissent dans les herbiers marins tout au long de l'année, et les tortues imbriquées nichent sur la plage de mai à octobre. La visibilité de l'eau est en moyenne de 20 à 30 mètres par temps calme, tombant à 10 mètres après les tempêtes lorsque les sédiments s'élèvent du fond de la lagune. La ville elle-même reste un port de pêche actif et non une enclave touristique. La Cooperative Pescadores de Puerto Morelos, fondée en 1973, exploite toujours une flotte de 40 pangas, et de nombreux guides de snorkeling détiennent des licences de pêche commerciale. Le phare incliné sur la place du village — penché à 15 degrés depuis l'ouragan Beulah en 1967 — sert de point de repère pour la navigation. L'avenue Rafael E. Melgar s'étend parallèlement à la plage sur deux kilomètres, bordée de restaurants aux toits de palapa servant du tikin-xic, un poisson grillé de style maya frotté à l'achiote et à l'orange amère. Les frais de conservation du parc marin, de 60,37 MXN par personne et par jour, financent la surveillance du récif et les patrouilles des nids de tortues. Les gardes du parc effectuent des relevés mensuels sur la santé des coraux au niveau de 12 transects fixes, enregistrant les épisodes de blanchissement et les épidémies de maladies. Les excursions ont lieu tous les jours de 08:00 à 20:00 en semaine, avec des horaires réduits le week-end.