Puerto Morelos se situe au seuil de la barrière de corail mésoaméricaine, le deuxième plus long système corallien sur Terre, s'étendant sur 1 000 kilomètres de la péninsule du Yucatán au Honduras. Désigné Parc marin national en 1998, le récif longe ici la côte à une profondeur de seulement quatre à neuf mètres, assez près pour que les nageurs atteignent le corail vivant quelques minutes après avoir quitté le rivage. Cette proximité a façonné la ville elle-même : les coopératives de pêche qui autrefois ramenaient mérous et vivaneaux se sont tournées vers la gestion du récif, et la taxe de conservation fédérale—collectée quotidiennement depuis 2016—finance l'entretien des bouées, les zones d'amarrage et les pépinières de restauration corallienne ancrées au fond marin. Les meilleures options pour une excursion de snorkeling à Puerto Morelos tirent parti de cette accessibilité. Les itinéraires sur deux sites alternent entre des jardins coralliens peu profonds regorgeant de poissons-perroquets et de poissons-anges royaux, puis dérivent le long de murs plus profonds où des formations de coraux corne d'élan et cerveau s'élèvent à trois mètres de haut. Le parc marin applique des protocoles stricts de non-contact et limite le nombre quotidien de visiteurs par zone, un cadre qui a permis de localiser les épisodes de blanchissement et de permettre aux populations de coraux corne de cerf de se rétablir. Les opérateurs ne jettent l'ancre qu'au niveau des bouées désignées, espacées de 50 mètres, garantissant qu'aucune trace d'hélice ne traverse la crête du récif. Les rencontres avec les requins-baleines ajoutent une dimension saisonnière. Entre juin et septembre, des agrégations de Rhincodon typus—le plus gros poisson du monde—se rassemblent dans les eaux riches en plancton au nord d'Isla Mujeres, à 40 kilomètres au large. Les meilleures excursions de snorkeling à Puerto Morelos incluant des segments avec des requins-baleines partent avant l'aube, atteignant les zones d'alimentation en pleine mer vers 8h00, lorsque la visibilité atteint son apogée et que les animaux remontent à la surface pour se nourrir par filtration. La réglementation autorise deux plongeurs à la fois dans l'eau, en maintenant une distance de trois mètres avec chaque requin, aucune combinaison ni crème solaire n'étant autorisée dans la zone marine protégée. La structure du récif reflète son origine géologique. Le socle calcaire s'étend depuis le système de cénotes côtier, créant des dolines et des tunnels sous-marins qui ponctuent le mur corallien. Des colonies de corail de feu se regroupent près de ces ouvertures, leurs branches recouvertes de nématocystes formant un orange vif sur le fond bleu. Les tortues imbriquées et vertes se nourrissent dans les herbiers marins entre les têtes de corail, leurs carapaces nettoyées par des labres nettoyeurs au niveau de stations de nettoyage établies. La limite sud du parc jouxte Punta Brava, où le récif descend à 30 mètres et où des espèces pélagiques—barracudas, tarpons, requins nourrices—patrouillent le tombant.