La barrière de corail mésoaméricaine s'étend sur 1 000 kilomètres d'Isla Contoy au Honduras, et Puerto Morelos en constitue l'un des couloirs peu profonds les plus accessibles. Classé parc national marin en 1998, le récif longe ici la côte à des profondeurs de trois à neuf mètres, si près que les amateurs de snorkeling atteignent des jardins de corail florissants en quelques minutes seulement après être entrés dans l'eau. Les frais de conservation quotidiens de 125 pesos permettent d'entretenir les bouées d'amarrage qui protègent les colonies de coraux corne d'élan et de coraux cerveau des dommages causés par les ancres, un modèle reproduit dans toutes les Caraïbes mexicaines. Au large, le récif plonge vers des canaux sablonneux où glissent des raies aigles mouchetées et où les tortues vertes se nourrissent dans les herbiers marins qui se sont reconstitués depuis l'entrée en vigueur de l'interdiction du chalutage au début des années 2000. Les itinéraires des excursions de snorkeling et cenote à Puerto Morelos associent le récif à des cenotes intérieurs creusés par des millénaires d'eaux pluviales dissolvant le calcaire poreux du Yucatán. Ces gouffres, autrefois sacrés pour les Mayas qui les considéraient comme des portails vers Xibalba, offrent aujourd'hui un contraste thermique avec les eaux chaudes des Caraïbes — l'eau des cenotes reste stable à 24 degrés Celsius toute l'année, alimentée par des rivières souterraines qui ne voient jamais la lumière du soleil. La péninsule compte environ 6 000 cenotes, bien que moins de 200 soient accessibles aux visiteurs. Les cenotes à ciel ouvert, comme ceux situés près de la Ruta de los Cenotes, révèlent des parois drapées de lianes et des puits de lumière à la mi-journée ; les cenotes en caverne nécessitent des entrées guidées par d'étroits passages rocheux pour accéder à des salles cathédrales où les stalactites rejoignent la surface de l'eau. La logistique privilégie les départs le matin. La visibilité du récif atteint son maximum avant 11:00, lorsque le clapot du vent et l'inclinaison du soleil de la mi-journée atténuent les contrastes. Les tour-opérateurs travaillent depuis la jetée municipale de l'Avenida Matamoros, d'où des pangas en fibre de verre transportent les groupes vers des sites d'amarrage situés dans le polygone protégé du parc. Le matériel de snorkeling et les gilets de sauvetage sont fournis d'office ; les combinaisons sont facultatives mais recommandées pour la partie cenote, où la baisse de température surprend les novices. La plupart des formules d'excursion de snorkeling et cenote à Puerto Morelos durent de cinq à six heures, ce qui permet de passer deux heures sur le récif et 90 minutes dans un cenote, le transport et le déjeuner occupant le reste du temps. Les horaires d'ouverture du parc, de 06:00 à 21:00, conviennent aussi bien aux sorties à l'aube qu'aux retours en fin d'après-midi, bien que les meilleurs opérateurs partent vers 08:30 pour réserver les places d'amarrage avant l'arrivée des flux de touristes des bateaux de croisière en provenance de Playa del Carmen. Les excursions combinées reflètent la double identité de la côte de Quintana Roo : salée et douce, ensoleillée et ombragée, marine et souterraine. Le récif apporte couleur et mouvement ; le cenote offre immobilité et temps géologique. Les guides formés selon les protocoles de la CONANP interprètent les deux écosystèmes, signalant les poissons-perroquets qui transforment le corail en sable par bioérosion et expliquant le rôle du cenote dans l'aquifère de la péninsule. Ces excursions guidées en snorkeling sont devenues le pilier de l'économie touristique de Puerto Morelos, proposant un modèle qui privilégie l'accès en petits groupes plutôt que le tourisme de masse des grands complexes hôteliers.