Puerto Morelos se situe au seuil de la barrière de corail mésoaméricaine, le plus long système corallien de l'hémisphère occidental, s'étendant sur 1 000 kilomètres de la péninsule du Yucatán au Honduras. Le récif se trouve ici à moins de 500 mètres du rivage, protégé au sein du Parque Nacional Arrecife de Puerto Morelos depuis 1998, une désignation qui limite le trafic maritime et le mouillage afin de préserver 65 espèces de coraux cataloguées et plus de 300 espèces de poissons. La proximité de la zone de conservation avec le rivage — accessible par un trajet en bateau de cinq minutes — fait de Puerto Morelos l'un des rares endroits le long de la côte de Quintana Roo où les jardins de coraux en eau peu profonde restent accessibles sans le poids logistique des expéditions en haute mer. L'architecture du plateau récifal s'élève brusquement des fonds sableux à trois ou cinq mètres de profondeur, créant des canaux naturels où les coraux corne d'élan et cerveau abritent des communautés de poissons-perroquets, de poissons-anges et de barracudas juvéniles. La visibilité dépasse généralement 20 mètres entre mai et octobre, lorsque les courants des Caraïbes transportent de l'eau chaude et claire à travers le lagon protégé. La densité biologique du site — documentée lors d'enquêtes répétées par la CONANP, l'agence nationale des parcs mexicains — reflète des décennies de gestion active : les bouées d'amarrage installées en 2003 ont éliminé les dommages causés par les ancres, et les fermetures saisonnières lors des événements de frai des coraux en août ont permis aux taux de recrutement de se stabiliser. Une excursion privée de snorkeling à Puerto Morelos fonctionne selon des réglementations de permis qui limitent la taille des groupes à huit personnes par guide, une contrainte conçue pour minimiser la perturbation des sédiments par les palmes au-dessus des formations fragiles de corail corne de cerf. Le plateau récifal s'étend sur environ 400 mètres vers le large avant de plonger dans le canal de Cozumel, où les profondeurs dépassent 200 mètres en moins de deux kilomètres. Cette proximité avec les eaux profondes canalise les remontées d'eau riches en nutriments sur le plateau, soutenant les colonies de polypes et les films d'algues qui forment la base métabolique du récif. Les limites du parc marin englobent 9 066 hectares, mais le corridor de snorkeling favorisé par la plupart des guides longe la plage entre la jetée de la ville et le phare sud, une étendue où la couverture corallienne dépasse constamment 40 % et où la diversité des éponges culmine. Puerto Morelos reste l'un des nœuds les plus calmes le long de la Riviera Maya, une fonction de son infrastructure de village de pêcheurs à petite échelle et de l'absence de quais pour navires de croisière, ce qui maintient le nombre de visiteurs quotidiens bien en dessous de ceux enregistrés à Cozumel ou Isla Mujeres. Les frais de conservation de 60,37 pesos, collectés par personne et par jour, financent les patrouilles des gardes forestiers et la surveillance de la qualité de l'eau, faisant partie d'un modèle de fiducie fédérale reproduit dans toutes les zones marines protégées du Mexique.