Puerto Morelos liegt an der Schwelle zum Mesoamerikanischen Barriere-Riff, dem längsten Korallensystem der westlichen Hemisphäre, das sich über 1.000 Kilometer von der Halbinsel Yucatán bis nach Honduras erstreckt. Das Riff liegt hier weniger als 500 Meter vor der Küste und steht seit 1998 im Parque Nacional Arrecife de Puerto Morelos unter Schutz. Diese Einstufung schränkt den Schiffsverkehr und das Ankern ein, um 65 katalogisierte Korallenarten und mehr als 300 Fischarten zu schützen. Die Nähe der Schutzzone zur Küste — erreichbar in einer fünfminütigen Bootsfahrt — macht Puerto Morelos zu einem der wenigen Orte an der Küste von Quintana Roo, an denen flache Korallengärten ohne den logistischen Aufwand von Hochsee-Expeditionen zugänglich sind. Die Schelfarchitektur des Riffs erhebt sich abrupt aus Sandbänken in drei bis fünf Metern Tiefe und bildet natürliche Kanäle, in denen Elchgeweih- und Hirnkorallen Lebensräume für Papageienfische, Kaiserfische und junge Barrakudas bieten. Die Sichtweite liegt zwischen Mai und Oktober in der Regel bei über 20 Metern, wenn karibische Strömungen warmes, klares Wasser durch die geschützte Lagune leiten. Die biologische Dichte des Gebiets — dokumentiert in wiederholten Untersuchungen von CONANP, Mexikos Nationalparkbehörde — spiegelt Jahrzehnte aktiven Managements wider: Im Jahr 2003 installierte Mooring-Bojen verhinderten Ankerschäden, und saisonale Schließungen während des Ablaichens der Korallen im August haben zur Stabilisierung der Ansiedlungsraten beigetragen. Eine private Schnorcheltour in Puerto Morelos unterliegt Genehmigungsvorschriften, die die Gruppengröße auf acht Personen pro Guide begrenzen. Diese Einschränkung soll die Aufwirbelung von Sedimenten durch Flossenschläge über empfindlichen Geweihkorallen-Formationen minimieren. Das Riffplateau erstreckt sich etwa 400 Meter meerwärts, bevor es in den Cozumel-Kanal abfällt, wo die Tiefe innerhalb von zwei Kilometern mehr als 200 Meter beträgt. Diese Nähe zum Tiefwasser leitet nährstoffreiche Auftriebsströmungen auf den Schelf und versorgt die Polypengemeinschaften und Algenfilme, die die stoffwechselbiologische Basis des Riffs bilden. Die Grenzen des Meeresparks umfassen 9.066 Hektar, aber der von den meisten Guides bevorzugte Schnorchelkorridor verläuft parallel zum Strand zwischen dem Pier der Stadt und dem südlichen Leuchtturm — ein Abschnitt, in dem die Korallenbedeckung durchweg über 40 Prozent liegt und die Schwammvielfalt ihren Höhepunkt erreicht. Puerto Morelos bleibt einer der ruhigeren Orte an der Riviera Maya, was auf die Infrastruktur eines kleinen Fischerdorfs und das Fehlen von Kreuzfahrtschiff-Docks zurückzuführen ist, wodurch die täglichen Besucherzahlen deutlich unter den Werten von Cozumel oder der Isla Mujeres liegen. Die Naturschutzgebühr von 60,37 Pesos, die pro Person und Tag erhoben wird, finanziert Ranger-Patrouillen und die Überwachung der Wasserqualität und ist Teil eines staatlichen Treuhandmodells, das in allen Meeresschutzgebieten Mexikos angewendet wird.