Puerto Morelos si trova sulla soglia della Barriera Corallina Mesoamericana, il sistema corallino più lungo dell'emisfero occidentale, che si estende per 1.000 chilometri dalla penisola dello Yucatán fino all'Honduras. Qui la barriera corallina si trova a meno di 500 metri dalla costa, protetta all'interno del Parque Nacional Arrecife de Puerto Morelos dal 1998, una designazione che limita il traffico delle imbarcazioni e l'ancoraggio per preservare 65 specie di coralli catalogate e oltre 300 specie di pesci. La vicinanza della zona di conservazione alla costa — raggiungibile con cinque minuti di barca — rende Puerto Morelos uno dei pochi luoghi lungo la costa di Quintana Roo dove i giardini di corallo in acque basse rimangono accessibili senza la complessità logistica delle spedizioni in mare aperto. L'architettura del fondale della barriera corallina si innalza bruscamente dai banchi di sabbia a una profondità da tre a cinque metri, creando canali naturali dove i coralli corna di alce e cervello ancorano comunità di pesci pappagallo, pesci angelo e giovani barracuda. La visibilità supera solitamente i 20 metri tra maggio e ottobre, quando le correnti caraibiche trasportano acque calde e limpide attraverso la laguna protetta. La densità biologica del sito — documentata in ripetuti sondaggi da CONANP, l'agenzia messicana dei parchi nazionali — riflette decenni di gestione attiva: le boe di ormeggio installate nel 2003 hanno eliminato i danni causati dalle ancore e le chiusure stagionali durante gli eventi di deposizione delle uova dei coralli in agosto hanno permesso ai tassi di reclutamento di stabilizzarsi. Un tour privato di snorkeling a Puerto Morelos opera secondo regolamenti che limitano la dimensione del gruppo a otto persone per guida, un vincolo progettato per ridurre al minimo il disturbo dei sedimenti causato dalle pinne sulle fragili formazioni di corallo staghorn. L'altopiano della barriera corallina si estende per circa 400 metri verso il mare prima di scendere nel Canale di Cozumel, dove le profondità superano i 200 metri nel giro di due chilometri. Tale vicinanza all'acqua profonda convoglia risalite ricche di nutrienti sulla piattaforma, sostenendo le colonie di polipi e le pellicole algali che formano la base metabolica della barriera corallina. I confini del parco marino comprendono 9.066 ettari, ma il corridoio di snorkeling preferito dalla maggior parte delle guide corre parallelo alla spiaggia tra il molo cittadino e il faro meridionale, un tratto dove la copertura corallina supera costantemente il 40 percento e la diversità delle spugne raggiunge il picco. Puerto Morelos rimane uno dei nodi più tranquilli lungo la Riviera Maya, una funzione della sua infrastruttura da piccolo villaggio di pescatori e dell'assenza di porti per navi da crociera, che mantiene il numero giornaliero di visitatori ben al di sotto di quelli registrati a Cozumel o Isla Mujeres. La tassa di conservazione di 60,37 pesos, riscossa per persona al giorno, finanzia le pattuglie dei ranger e il monitoraggio della qualità dell'acqua, parte di un modello di fondo fiduciario federale replicato in tutte le aree marine protette del Messico.