Puerto Morelos sorge sulla seconda barriera corallina più grande dell'emisfero occidentale, una formazione calcarea che si estende per 1.000 chilometri dalla punta settentrionale dello Yucatán fino al Golfo dell'Honduras. Qui la barriera corallina si trova eccezionalmente vicino alla riva — alcune sezioni iniziano a soli 20 metri dalla spiaggia — rendendola uno dei sistemi corallini più accessibili dei Caraibi. Nel 1998, il governo messicano ha dichiarato 9.066 ettari di oceano e costa Parco Marino Nazionale, vietando le ancore delle barche e stabilendo boe di ormeggio permanenti per proteggere il corallo. La laguna bassa del parco, raramente più profonda di nove metri, ospita 36 specie di corallo pietroso e oltre 250 specie di pesci. Un tour di snorkeling a Puerto Morelos da Playa del Carmen copre solitamente 35 chilometri verso sud lungo l'autostrada 307, un viaggio di 40 minuti attraverso la macchia costiera e villaggi di pescatori sparsi. La maggior parte degli operatori salpa dal molo dei pescatori della città, un pontile in cemento ricostruito dopo l'uragano Wilma nel 2005. La struttura della barriera corallina qui differisce dalle pareti ripide di Cozumel: invece di scogliere a picco, si trovano frammenti di barriera corallina separati da canali sabbiosi, con coralli a corna di alce e coralli cerebriformi che formano basse creste parallele alla riva. Le tartarughe verdi pascolano nei letti di alghe durante tutto l'anno e le tartarughe embricate nidificano sulla spiaggia da maggio a ottobre. La visibilità dell'acqua è in media di 20-30 metri in condizioni di calma, scendendo a 10 metri dopo le tempeste, quando il sedimento viene sollevato dal fondale della laguna. La città stessa rimane un porto di pesca attivo, non un'enclave turistica. La cooperativa Pescadores de Puerto Morelos, fondata nel 1973, gestisce ancora una flotta di 40 panga e molte guide di snorkeling possiedono licenze di pesca commerciale. Il faro inclinato nella piazza della città — inclinato di 15 gradi dall'uragano Beulah nel 1967 — funge da punto di riferimento per la navigazione. Rafael E. Melgar Avenue corre parallela alla spiaggia per due chilometri, fiancheggiata da ristoranti con tetto di paglia che servono il tikin-xic, un pesce alla griglia in stile Maya strofinato con achiote e arancia amara. La tassa di conservazione del parco marino, 60,37 MXN a persona al giorno, finanzia il monitoraggio della barriera corallina e le pattuglie dei nidi delle tartarughe. I ranger del parco conducono indagini mensili sulla salute dei coralli in 12 transetti fissi, registrando eventi di sbiancamento e focolai di malattie. I tour operano quotidianamente dalle 08:00 alle 20:00 nei giorni feriali, con orari ridotti nei fine settimana.