Puerto Morelos está localizado na segunda maior barreira de recifes do Hemisfério Ocidental, uma formação de calcário que se estende por 1.000 quilômetros da ponta norte de Yucatán até o Golfo de Honduras. O recife aqui fica excepcionalmente próximo à costa — algumas seções começam a apenas 20 metros da praia —, o que o torna um dos sistemas de corais mais acessíveis do Caribe. Em 1998, o governo mexicano declarou 9.066 hectares de oceano e costa como Parque Nacional Marinho, proibindo âncoras de barcos e estabelecendo boias de amarração permanentes para proteger o coral. A lagoa rasa do parque, raramente com profundidade superior a nove metros, abriga 36 espécies de corais rochosos e mais de 250 espécies de peixes. Um passeio de snorkel em Puerto Morelos saindo de Playa del Carmen normalmente percorre 35 quilômetros ao sul pela Rodovia 307, uma viagem de 40 minutos de carro por vegetação costeira e vilas de pescadores espalhadas. A maioria dos operadores parte do píer de pesca da cidade, um cais de concreto reconstruído após o furacão Wilma em 2005. A estrutura do recife aqui difere dos paredões íngremes de Cozumel: em vez de abismos, você encontra recifes de patch separados por canais de areia, com corais de chifre de alce e corais de cérebro formando cristas baixas paralelas à costa. Tartarugas marinhas verdes pastam nos leitos de grama marinha ao longo do ano, e tartarugas-de-pente aninham na praia de maio a outubro. A visibilidade da água é de 20 a 30 metros em média em condições calmas, caindo para 10 metros após tempestades, quando o sedimento se agita no fundo da lagoa. A própria cidade continua sendo um porto de pesca ativo, não um enclave de resorts. A Cooperative Pescadores de Puerto Morelos, fundada em 1973, ainda opera uma frota de 40 pangas, e muitos guias de snorkel possuem licenças de pesca comercial. O farol inclinado na praça da cidade — inclinado 15 graus desde o furacão Beulah em 1967 — serve como ponto de referência de navegação. A Avenida Rafael E. Melgar corre paralela à praia por dois quilômetros, repleta de restaurantes com teto de palha que servem tikin-xic, um peixe grelhado em estilo maia temperado com urucum e laranja azeda. A taxa de conservação do parque marinho, de 60,37 MXN por pessoa por dia, financia o monitoramento dos recifes e as patrulhas de ninhos de tartarugas. Os guardas do parque realizam pesquisas mensais de saúde dos corais em 12 transectos fixos, registrando eventos de branqueamento e surtos de doenças. Os passeios operam diariamente das 08:00 às 20:00 nos dias úteis, com horário reduzido nos fins de semana.