Puerto Morelos liegt am zweitgrößten Barriereriff der westlichen Hemisphäre, einer Kalksteinformation, die sich 1.000 Kilometer von der Nordspitze Yucatáns bis zum Golf von Honduras erstreckt. Das Riff liegt hier außergewöhnlich nah am Ufer – einige Abschnitte beginnen nur 20 Meter vom Strand entfernt – und ist damit eines der am besten zugänglichen Korallensysteme der Karibik. 1998 erklärte die mexikanische Regierung 9.066 Hektar Ozean und Küste zum Nationalen Meerespark, verbot Bootsanker und installierte permanente Bojen, um die Korallen zu schützen. Die flache Lagune des Parks, die selten tiefer als neun Meter ist, beherbergt 36 Arten von Steinkorallen und mehr als 250 Fischarten. Eine Schnorcheltour von Playa del Carmen nach Puerto Morelos führt in der Regel 35 Kilometer südlich entlang des Highway 307, eine 40-minütige Fahrt durch Küstengestrüpp und verstreute Fischerdörfer. Die meisten Anbieter starten vom Fischersteg der Stadt, einem Betonsteg, der nach dem Hurrikan Wilma im Jahr 2005 neu errichtet wurde. Die Riffstruktur unterscheidet sich hier von Cozumels steilen Wänden: Anstelle von Abbruchkanten finden Sie hier Patch-Riffe, die durch sandige Kanäle getrennt sind, wobei Hirschgeweih- und Hirnkorallen niedrige Rücken parallel zum Ufer bilden. Grüne Meeresschildkröten grasen das ganze Jahr über auf Seegraswiesen, und Karettschildkröten nisten von Mai bis Oktober am Strand. Die Sichtweite im Wasser beträgt bei ruhigen Bedingungen durchschnittlich 20 bis 30 Meter und sinkt nach Stürmen, wenn Sedimente vom Lagunenboden aufgewirbelt werden, auf 10 Meter. Die Stadt selbst ist ein funktionierender Fischerhafen geblieben, keine Ferienanlage. Die Genossenschaft Pescadores de Puerto Morelos, gegründet 1973, betreibt noch immer eine Flotte von 40 Pangas, und viele Schnorchelführer besitzen kommerzielle Fischereilizenzen. Der schiefe Leuchtturm am Stadtplatz – seit dem Hurrikan Beulah im Jahr 1967 um 15 Grad geneigt – dient als Navigationsmarke. Die Avenida Rafael E. Melgar verläuft zwei Kilometer parallel zum Strand und ist gesäumt von Restaurants mit Palapa-Dächern, die Tikin-Xic servieren, einen nach Maya-Art gegrillten Fisch, der mit Achiote und Bitterorange eingerieben ist. Die Naturschutzgebühr des Meeresparks von 60,37 MXN pro Person und Tag finanziert die Riffüberwachung und Schildkrötennest-Patrouillen. Park-Ranger führen monatliche Korallengesundheitsuntersuchungen an 12 festen Transekten durch und erfassen Bleichereignisse und Krankheitsausbrüche. Die Touren finden wochentags täglich von 08:00 bis 20:00 Uhr statt, am Wochenende gelten verkürzte Öffnungszeiten.