Puerto Morelos se encuentra en la segunda barrera de arrecifes más grande del hemisferio occidental, una formación de piedra caliza que se extiende a lo largo de 1,000 kilómetros desde el extremo norte de Yucatán hasta el golfo de Honduras. El arrecife aquí se encuentra excepcionalmente cerca de la costa —algunas secciones comienzan a solo 20 metros de la playa—, lo que lo convierte en uno de los sistemas de coral más accesibles del Caribe. En 1998, the gobierno mexicano declaró 9,066 hectáreas de océano y costa como Parque Nacional Marino, prohibiendo las anclas de los barcos y estableciendo boyas de amarre permanentes para proteger el coral. La laguna poco profunda del parque, que rara vez supera los nueve metros de profundidad, alberga 36 especies de coral pétreo y más de 250 especies de peces. Un tour de snorkel en Puerto Morelos desde Playa del Carmen suele recorrer 35 kilómetros hacia el sur por la carretera 307, un trayecto de 40 minutos en auto a través de matorrales costeros y dispersos pueblos de pescadores. La mayoría de los operadores salen del muelle de pesca del pueblo, un espigón de concreto reconstruido después del huracán Wilma en 2005. La estructura del arrecife aquí difiere de las paredes empinadas de Cozumel: en lugar de abismos, se encuentran arrecifes de parche separados por canales de arena, con coral cuerno de alce y de cerebro formando crestas bajas paralelas a la costa. Las tortugas marinas verdes pastan en los pastos marinos durante todo el año, y las tortugas carey anidan en la playa de mayo a octubre. La visibilidad del agua tiene un promedio de 20 a 30 metros en condiciones tranquilas, y desciende a 10 metros después de las tormentas, cuando el sedimento se remueve del fondo de la laguna. El pueblo en sí sigue siendo un puerto pesquero activo, no un enclave turístico. La Cooperativa Pescadores de Puerto Morelos, fundada en 1973, todavía opera una flota de 40 pangas, y muchos guías de snorkel tienen licencias de pesca comercial. El faro inclinado en la plaza del pueblo —inclinado 15 grados desde el huracán Beulah en 1967— sirve como punto de referencia para la navegación. La avenida Rafael E. Melgar corre paralela a la playa durante dos kilómetros, bordeada de restaurantes con techo de palapa que sirven tikin-xic, un pescado a la parrilla de estilo maya untado con achiote y naranja agria. La tarifa de conservación del parque marino, de 60.37 MXN por persona al día, financia el monitoreo de arrecifes y patrullas de nidos de tortugas. Los guardaparques realizan estudios mensuales sobre la salud del coral en 12 transectos fijos, registrando eventos de blanqueamiento y brotes de enfermedades. Los tours operan todos los días de 08:00 a 20:00 de lunes a viernes, con horarios reducidos los fines de semana.